| รายละเอียดวิทยานิพนธ์ | |
| ชื่อวิทยานิพนธ์ | การประยุกต์ใช้วิธี RT-PCR ร่วมกับการใช้เอนไซม์ตัดจำเพาะ สำหรับการวินิจฉัยโรคอหิวาต์สุกรในประเทศไทย APPLICATION OF RT'-PCR AND RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM FOR THE DIAGNOSIS OFCLASSICAL SWINE FEVER IN THAILAND |
| ชื่อนิสิต | ละมูล โม้ลี Lamul Moles |
| ชื่ออาจารย์ที่ปรึกษา | ผศ.สพญ.ดร. สันนิภา สุรทัตต์สพญ.ดร. สุดารัตน์ ดำรงค์วัฒนโภคิน Asst.Prof. Sanipa Suradhat, Ph.D.Sudarat Damrongwatanapokin, Ph.D. |
| ชื่อสถาบัน | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. บัณฑิตวิทยาลัย Chulalongkorn University. Bangkok. (Thailand). Graduate School. |
| ระดับปริญญาและรายละเอียดสาขาวิชา | วิทยานิพนธ์มหาบัณฑิต. วิทยาศาสตร์ (จุลชีววิทยาทางการแพทย์) Master. Science (Medical Microbiology) |
| ปีที่จบการศึกษา | 2546 |
| บทคัดย่อ(ไทย) | นำวิธี reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) โดยใช้primer 324 และ 326 ที่จำเพาะต่อส่วน 5(+,ข) noncoding region (5(+,ข)NCR)ซึ่งเป็นบริเวณที่มีลำดับนิวคลีโอไทด์ใกล้เคียงกันมากที่สุดในกลุ่ม ~iPestivirus~iมาทดสอบกับเชื้อไวรัสอหิวาต์สุกรที่ตรวจพบในประเทศไทย พบว่าไพรเมอร์คู่นี้สามารถตรวจหาสารพันธุกรรมของไวรัสอหิวาต์สุกรที่แยกได้ในประเทศทุก genogroups รวมทั้งเชื้อไวรัสวัคซีนอหิวาต์สุกรที่ใช้อยู่ในประเทศทั้ง 9 ตัวอย่าง ไพรเมอร์คู่นี้มีความจำเพาะสูง ไม่ทำปฏิกิริยากับเชื้อไวรัสอื่น ๆ ที่ตรวจพบได้ในสุกร เป็นวิธีที่มีความไวสูงสามารถตรวจหาสารพันธุกรรมของไวรัสอหิวาต์สุกรได้ในระดับ 100 median tissue cultureinfective dose (TCID(,50)) ต่อ 100 ไมโครลิตร เมื่อนำผลิตภัณฑ์ PCR ที่ได้มาทำปฏิกริยากับเอนไซม์ตัดจำเพาะ ~iBgl~i I และ ~iAva~i I พบว่าเอนไซม์ ~iBgl~i Iสามารถตัดลำดับเบสของไวรัสอหิวาต์สุกรได้ทุกสายพันธุ์แต่ไม่ตัดลำดับเบสของ bovineviral diarrhea virus (BVDV) ส่วนเอนไซม์ ~iAva~i I สามารถตัดลำดับเบสของทั้ง BVDVไวรัสวัคซีนอหิวาต์สุกรและไวรัสอหิวาต์สุกรที่แยกได้ในท้องที่ทุกตัวอย่าง ยกเว้นไวรัสวัคซีนอหิวาต์สุกรสองสายพันธุ์ (LOM และ Thiverval) และ สายพันธุ์อ้างอิง ALD ทำการศึกษาลำดับสารพันธุกรรมของไวรัสอหิวาต์สุกรสายพันธุ์ ALD, GPE, LOM,Thiverval, เชื้อที่แยกได้ในประเทศ (NKP/01) และเชื้อ BVDV สายพันธุ์ Nose และOregon ด้วยวิธี DNA sequencing พบว่าลำดับนิวคลีโอไทด์ของไวรัสอหิวาต์สุกรในบริเวณนี้มีความเหมือนกันสูงมากและมีความเหมือนกับลำดับของ BVDV ประมาณร้อยละ 70เมื่อนำข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ของผลิตภัณฑ์ PCR ของไวรัสอหิวาต์สุกรทั้ง 5 สายพันธุ์ไปทำการวิเคราะห์ทาง phylogenetic เปรียบเทียบกับไวรัสที่เป็นตัวแทนของแต่ละsubgenogroups พบว่าสามารถนำลำดับเบสของผลิตภัณฑ์ PCR ดังกล่าวมาใช้ในการศึกษาด้านระบาดวิทยาและค้นหาที่มาของเชื้อที่เป็นสาเหตุของการระบาดได้ เมื่อพิจารณาถึงความไว ความจำเพาะ ความแม่นยำ และความสะดวกรวดเร็วในการตรวจวิธี RT-PCR โดยใช้ไพรเมอร์ 324 และ 326 และการจำแนกเชื้อด้วยเอนไซม์ตัดจำเพาะจึงเป็นวิธีที่สามารถนำมาใช้ในการตรวจวินิจฉัยโดยอหิวาต์สุกรในประเทศไทยจากตัวอย่างสิ่งส่งตรวจได้ |
| บทคัดย่อ(English) | The reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), using the primer 324and 326, specific to the highly conserved 5' noncoding region (5 'NCR) was employed forthe detection of classical swine fever virus (CSFV). Fifty field isolates from all 3genogroups previously reported in Thailand and 9 CSFV vaccines could be detected with this pair of primers. There was no cross-reaction with other pig viruses. The sensitivity of this method was at 1OO median tissue culture infective dose (TCID(,50))/100(+,m)l.The differentiation between CSFV and bovine viral diarrhea viruss (BVDV), another closelyrelated ~iPestivirus~i found in Thailand, was perform by restriction fragment lengthpolymorphisms (RFLPs) using the restriction enzymes ~iAva~i I and ~iBgl~i I. PCR productsof all CSFV isolates but not for BVDV were cut by ~iBgl~i I. The enzyme ~iAva~i I could cutPCR products of all the ~iPestivirus~i isolates, except the 2 CSF vaccines (LOM and Thivcrval) and a reference virulent strain, ALD. The genetic variability and phylogenetic analysis of 5 CSFV strains (ALD, GPE,LOM, Thiverval and NKP/01) and 2 BVDV strains (Oregon and Nose) were studied bycomparative nucleotide sequence analysis. The high degree of similarity was found amongCSFV. However the virus exhibit 70% homology when compared with BVDVs. The nucleotidesequence and phylogenetic analysis of CSFVs were compared with the representative reference CSFV from each subgenogroup. The result indicated that RT-PCR detection andphylogenetic analysis of the product were useful for the rapid characterization of fieldisolates. Considering of sensitivity, specificity and precision for detection of CSFVs,the RT-PCR of 5'NCR and RFLPs was suitable and reliable for laboratory diagnosis ofclinical CSFV infected specimens of Thailand. |
| ภาษาที่ใช้เขียนวิทยานิพนธ์ | |
| จำนวนหน้าของวิทยานิพนธ์ | 88 P. |
| ISBN | 974-17-5623-2 |
| สถานที่จัดเก็บวิทยานิพนธ์ | |
| คำสำคัญ | CLASSICAL SWINE FEVER VIRUS % RT-PCR, RESTRICTION FRAGMENT LENGTHPOLYMORPHISM, 5'NONCODING REGION |
| วิทยานิพนธ์ที่เกี่ยวข้อง |
Warning: mysql_fetch_assoc(): supplied argument is not a valid MySQL result resource in C:\usr\koha224\opac\htdocs\thesis\detail.php on line 209 |
