| รายละเอียดวิทยานิพนธ์ | |
| ชื่อวิทยานิพนธ์ | ?????การทำลายพิมพ์ดีเอ็นเอของแบคทีเรีย?Lactobacilluspentosus และ?Lactobacillus plantarum จากอาหารหมักดองพื้นเมืองโดยวิธี?Random Amplified Polymorphic DNA Genomic DNA Fingerprinting of Lactobacillus pentosusand Lactobacillus plantarum from Traditional FermentedFood using Random Amplified Polymorphic DNA |
| ชื่อนิสิต | ?????ศุภกิจ?สอนประจักษ์ Supakij Sornprajak |
| ชื่ออาจารย์ที่ปรึกษา | ผศ?ดร?สุวิมล?กีรติพิบูล Asst Prof Suwimon Keeratipibul Ph D |
| ชื่อสถาบัน | จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย. บัณฑิตวิทยาลัย Chulalongkorn University. Bangkok. (Thailand). Graduate School. |
| ระดับปริญญาและรายละเอียดสาขาวิชา | วิทยานิพนธ์มหาบัณฑิต. วิทยาศาสตร์ (เทคโนโลยีทางอาหาร) Master. Science (Food Technology) |
| ปีที่จบการศึกษา | 2539 |
| บทคัดย่อ(ไทย) | ?? ในการศึกษานี้ได้ทำการพิสูจน์เอกลักษณ์ของแบคทีเรียแลคติกโดยการทำลายพิมพ์ดีเอ็นเอของเชื้อจำนวนทั้งสิ้น?58strains ซึ่งแยกได้จากอาหารหมักดองพื้นเมืองชนิดต่าง?ๆ?เช่นแหนม?ปลาส้ม?ผักดอง?เป็นต้น?เริ่มจากการสกัดดีเอ็นเอทั้งหมด?(total genomic DNA) ของเชื้อ?โดยผนังเซลชั้นนอกจะถูกย่อยด้วยเอ็นไซม์?lysozyme (100 ug/ml Tris-EDTA-Sodium chloride; TES) และ?mutanolysin (1U/ul TES) ก่อนที่จะย่อยเยื้อหุ้มเซลด้วย?proteinase K (1 mg/ml TES)และ? sodium dodecyl sulfate (20% in TES) จากนั้นจึงตกตะกอนแยกเศษผนังเซลโดยใช้?CTAB/NaCl(10% in water) และchloroform/isoamyl alcohol (24:1) จากผลการทดลองพบว่าได้ปริมาณดีเอ็นเอโดยเฉลี่ยประมาณ?3 ug?จากการใช้เซลเชื้อ?2 ml?จนได้ค่า?OD(,600) = 3.5 จากนั้นจึงนำดีเอ็นเอที่ได้มาทดสอบปฏิกิริยาและภาวะที่ใช้ในการเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอแบบสุ่มโดยวิธี?Random Amplified polymorphic DNAโดยใช้ดีเอ็นเอของเชื้อสายพันธุ์มาตรฐาน?3?สายพันธุ์ในการทดสอบเพื่อแยกความแตกต่างคือ?type strain ของ?L.pentosusDSM 20314, type strain ของ?L,plantarum DSM 20174 และtype strain ของ P.pentosaceus DSM 20336 โดยทดสอบoligonucleotide primer ที่มีความยาว?10 mers จำนวนทั้งสิ้น?100 primers พบว่า?primer ที่มีลำดับเบส?5'-AGTCAGCCAC-3',5'-CAATCGCCGT-3', 5'GATGACCGCC-3' และ5'-ACTTCGCCAC-3' สามารถที่จะใช้บอกความแตกต่างระหว่างเชื้อ?L.pentosus และ?L.plantarum ได้และพบว่าภาวะที่เหมาะสมในการเพิ่มปริมาณดีเอ็นเอคือการใช้อุณหภูมิในการทำdematuration ที่?94 องศาเซลเซียส?เป็นเวลา?1?นาที,annenaling ที่?35?องศาเซลเซียส?เป็นเวลา?1?นาที?และ?extension ที่?72?องศาเซลเซียส?เป็นเวลา?2?นาที?โดยปฏิกิรยารวม?10?ul ประกอบด้วย?tris-HCI?ความเข้มข้น?10 mM,MgCI(,2) ความเข้มข้น?2 mM,KCI ความเข้มข้น?50 mM,gelatin ความเข้มข้น?0.001%,deoxymucleoside triphosphateความเข้มข้น?100 mM,primer ความเข้มข้น?0.2 uM,?เอ็นไซม์Taq DNA polymerase 1.0 unit และดีเอ็นเอ?3.0 ng จากนั้นจึงนำ?primer ทั้ง?4?มาใช้ในการจัดทำลายพิมพ์ดีเอ็นเอของเชื้อทั้ง?58 strains ?และวิเคราะห์ความแตกต่างของเชื้อแต่ละ?strain โดยค่าความสัมพันธ์?Similarity Index ดังนี้คือSimilarity Index=2n(,xy)/(n(,x)+n(,y))เมื่อ n(,x) และ?n(,y)?คือจำนวน?band ใน?lane X และ?Y ตามลำดับn(,xy)?คือจำนวน?band รวมของ?lane X และ?lane Y ที่มีตำแหน่งตรงกัน????? จากผลการวิเคราะห์ค่า Similarity Index ที่แสดงในรูปของ?dendrogram สามารถจำแนกเชื้อทั้งหมดออกเป็น?4?กลุ่ม?โดยกลุ่มที่?1?ประกอบด้วยเชื้อจำนวน?21 strains ที่มีค่า?Similarity Index กับ?type strain L.pentosus DSM20314 อยู่ระหว่าง?85% ถึง?40% กลุ่มที่?2?ประกอบด้วยเชื้อจำนวน?25 strains ที่มีค่า?Similarity Index กับtpye strain L. plantarum DSM 20174 อยู่ระหว่าง92 % ถึง 23 % กลุ่มที่ 3 ประกอบด้วยเชื้อจำนวน 7 strainsที่มีค่า Similarity Index กับ type strainP.pentosaceus DSM 20336 อยู่ระหว่าง?94% ถึง58%?และมีค่าความสัมพันธ์เพียง?4% กับ?2?กลุ่มแรก?ส่วนกลุ่มที่?4?ประกอบด้วยเชื้อ?4 strain คือ?1145,FN 12-1,P 332-1 และ?P 46-1 ไม่สามารถระบุสายพันธุ์ได้โดยมีค่าSimilarity Index กับ?type strain ของ?L.pentosus DSM20314 และ?type strain ของ?L.plantarum DSM 20174 ที่7%, 7%, 10% และ?13% ตามลำดับ?และ?4% กับ?type strain ของ ?????P.pentosaceus DSM 20336 โดยผลการทดลองที่ได้นี้พบว่ามี ???? ความสอดคล้องกับผลการจัดจำแนกสายพันธุ์เชื้อโดยวิธีทาง ?????ชีวเคมี |
| บทคัดย่อ(English) | 58 strains of lactic acid bacteria isolated fromtraditional fermented foods eg. nham,pla-som andphak-dong are classified using arbitrary primerpolymerase chain reaction. A method of extraction forthe total gemonic DNA was developed. The bacterialcells were treated with lysozyme (100 ug/mlTris-EDTA-sodium cholride; TES) and mutanolysin (1 U/ul TES) followed by proteinase K (1 mg/ml TES). Cellswere lysed by sodium dodecyl sulgate (20% in TES). Thecell wall and cell membrane were removed by CTAB/NaC1(10% in water) and chloroform/isoamyl alcohol (24:1)extraction. The total yield of DNA of 3 ug wereobtained from 2 ml culture grown to OD(,600) = 3.5. Thechromosomal DNAs of the three type strains ofL.pentosus DSM 203142, L.plantarum DSM 20174 andP.pentosaceus DSM 20336 were amplified using 100different arbitrary primers (10 mers oligonucleotide).The four oligonucleotied primers of 5'-AGTCAGCCAC-3,5'-CAATCGCCGT-3', 5'-GATGACCGCC-3' and 5'-ACTTCGCCAC-3'were found to differentiate between the species ofL.pentosus and L.plantarum. The optimal amplificationcondutions were; denaturation at 94 degree C for 1minute, annealing at 35 degerr for 1 minute andmucleotied extension at 72 degree C for 2 minute. The10 ul reaction composed of 10 mM tris-HC1,2 mMMgC1(,2') 50 mM KC1, 0.001% gelatin, 100 mMdeoxynucleoside triphosphate, 0.2 uM arbitraty primer,1.0 unit Taq DNA Polymerase and 3.0 ng of DNA template.The similarity indice of different strains of bacteriawere calculated using : Similatiry Index = 2n(,xy)/n(,x)+n(,y) where n(,x) and n(,y) are the number of bands in the lanes X and Y n(,xy) is the number of bands common to the lanes X and Y The similarity indice were used to construct adendrogram. the 58 straian could be divided into 4groups. The first group consisted fo 21 differentstrains of L.pentosus which had the similarity indicebetween 85 to 40% to the type strain. The second groupconsisted of 25 different stains of L.plantarum whichhad the similarity indice between 92 to 23% to the typestrain. The third group of bacteria consisted of 7different strains which had the similarity indicebetween 94 to 58% to the type strain of P.pentosaceusDSM 20336. And the fourth group which were 4 differentbacterial strains 1145, FN 12-1, P 322-1 and P 46-1with the similarity indice 7%, 7%, 10% and 13% to bothtype strains of L.pentosus DSM 20314 and L.plantarumDSM 20174 and 4% to the the type strain ofP.pentosaceus DSN 20336. These strains wereunidentifien because of their low values of similarityindices to the type strains. These results obtainedfrom DNA fingerprints were in good agreement withbiochemical results. |
| ภาษาที่ใช้เขียนวิทยานิพนธ์ | |
| จำนวนหน้าของวิทยานิพนธ์ | ?????108 P. |
| ISBN | ?????974-636-275-5 |
| สถานที่จัดเก็บวิทยานิพนธ์ | |
| คำสำคัญ | GENOMIC DNA, LACTOBACILLUS PENTOSUS, LACTOBACILLUSPLANTARUM, FINGERPRINTING, TRADITIONAL FERMENTED FOOD, RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA |
| วิทยานิพนธ์ที่เกี่ยวข้อง |
|
